La actividad de las caspasas se puede medir por medio de varios métodos diferentes:
- Existen métodos luminiscentes que miden la liberación de Luciferina, que actúa como el sustrato para la posterior reacción de Luciferasa que genera luz.
- Otras liberan tras la escisión por caspasas colorantes fluorescentes, por ejemplo, fluoresceína o derivados de cumarina, o sustancias coloreadas detectables con mediciones de absorbancia.
- Finalmente, hay sustratos marcados con quelatos de lantánidos y desactivadores que son escindidos por las caspasas de modo que pueden detectarse por emisión de fluorescencia resuelta en el tiempo.