Para cantidades de muestra limitadas, la cuantificación de proteínas se realiza habitualmente midiendo la absorción a 280 nm en un espectrofotómetro de microvolumen, que permite la cuantificación de proteína total usando sólo 1 µl de muestra. Para calcular la concentración de mezclas de proteínas usando absorbancia a 280 nm, a menudo se usa la relación 1 unidad de O.D. = 1 mg/mL de proteína. Sin embargo, para proteínas purificadas conocidas, dividir la absorbancia por el coeficiente de absorbancia de la proteína dará resultados mucho más exactos.
Aunque la mayoría de los laboratorios biológicos y bioquímicos han aplicado, al menos en algún momento, alguno de estos métodos, la detección y determinación de algunas concentraciones de proteínas podría no ser satisfactoria. El marcaje fluorescente de las proteínas y la posterior detección del marcaje mediante la medición de fluorescencia ha demostrado ser el método de elección para muchas aplicaciones. En este caso, un lector de fluorescencia de microplacas es habitualmente el instrumento de elección para la medición.
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