Tecniche PPI che utilizzano lettori di micropiastre

I lettori di micropiastre sono un ampio gruppo di strumenti che includono lettori a tecnologia singola e lettori multimodali. Il vantaggio principale dei lettori di micropiastre rispetto ad altri strumenti disponibili per la misura delle tecniche PPI è che possono misurare molti campioni in un tempo relativamente breve: tutti i lettori possono misurare micropiastre da 96 pozzetti e alcuni possono anche misurare micropiastre da 384 pozzetti e 1536 pozzetti. Inoltre, hanno un'eccellente sensibilità per entrambe le misure di fluorescenza e luminescenza grazie all'adozione di tubi fotomoltiplicatori in grado di rilevare anche le più piccole quantità di fotoni. Tuttavia, rispetto agli strumenti di imaging come i microscopi confocali e i sistemi di imaging in vivo, i lettori di micropiastre non forniscono praticamente alcuna informazione spaziale che consentirebbe la localizzazione dell'interazione.

Un semplice lettore di micropiastre ad assorbanza dotato di filtri adeguati è solitamente sufficiente per quantificare l'attività degli enzimi cromogenici utilizzati nei sistemi due-ibrido del lievito e ubiquitina divisa. Anche un lettore di assorbanza basato su monocromatore è adatto per questa applicazione.

Qualsiasi luminometro per micropiastre o luminometro a tubo può essere utilizzato per quantificare la luminescenza emessa durante il test di complementazione split-luciferase. Per i assays BRET, tuttavia, dovrebbero essere utilizzati lettori multimodali in quanto possono essere dotati dei filtri necessari per distinguere l'emissione dell'accettore da quella del donatore. Le analisi BRET possono essere eseguite anche con monocromatori; tuttavia, la sensibilità è molto inferiore rispetto a quando si utilizzano filtri e pertanto non è consigliata.

Sia FRET che Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) possono essere misurate utilizzando qualsiasi lettore di micropiastre a fluorescenza con filtri adeguati. Tuttavia, poiché la gamma spettrale delle possibili coppie FRET è molto ampia, è consigliabile testare qualsiasi fluoroforo che emette a lunghezze d'onda maggiori di 600 nm contro la gamma spettrale dello strumento, poiché in alcuni lettori un'estensione della gamma spettrale a 850 o 900 nm è opzionale. Come nel caso di BRET, le prestazioni di FRET quando si usano i filtri sono generalmente migliori rispetto ai monocromatici.

Sebbene sia comune per i moderni lettori di micropiastre essere in grado di misurare TR-FRET, a volte è una caratteristica opzionale che potrebbe mancare negli strumenti di fascia bassa o più vecchi. Tuttavia, il termine TR-FRET è poco utilizzato nelle specifiche: cerca invece TRF (Time-Resolved Fluorescence). Infatti, dal punto di vista dello strumento, una misura TR-FRET è solo una combinazione di 2 misure TRF: una per il donatore e una per l'accettore. Le misure TR-FRET hanno anche prestazioni migliori se misurate con filtri invece che monocromatici, e deve essere dimostrato ancora una volta che la gamma spettrale dello strumento consente la misura di tutti i fluorofori coinvolti, poiché la misura a 665 nm è comune in alcuni assays TR-FRET.

Le misure della durata della fluorescenza richiedono hardware molto specifico e non sono disponibili in nessun lettore multimodale. Sebbene in passato siano stati disponibili diversi strumenti dai principali produttori, tra cui Tecan e Berthold Detection Systems (ora parte di Berthold Technologies), la maggior parte di essi è stata interrotta e, attualmente, l'unico lettore di micropiastre disponibile con funzionalità di fluorescenza lifetime è il NovaFluor PR di Fluorescence Innovations.

Raccomandazioni sui lettori di micropiastre di Berthold Technologies per gli studi PPI

MetodoApollo 11Centro LB 963Tristar 3Tristar 5

Sistema dell'due-ibrido del lievito

    
Sistema Split-ubiquitin    
FRET (SE FRET)    
TR-FRET    
BiFC    
Fluorescence Lifetime FRET    

Complementazione split-luciferasi

    
BRET